Đối với Người lao động, rào cản về kỹ thuật và kỹ năng số là một thách thức đáng kể. Khó khăn này thể hiện rõ nét ở lao động phổ thông, lao động lớn tuổi hoặc lao động sinh sống tại khu vực nông thôn, khi việc tiếp cận và sử dụng chữ ký số, eContract cũng như các quy trình xác thực điện tử còn tương đối phức tạp. Ngoài ra, chi phí duy trì chữ ký số kèm theo dịch vụ dấu thời gian, dù không quá lớn đối với doanh nghiệp, vẫn có thể trở thành gánh nặng đối với Người lao động, nhất là trong bối cảnh nhiều hợp đồng lao động có thời hạn ngắn hoặc thu nhập không ổn định. Những hạn chế này đặt ra yêu cầu có các giải pháp hỗ trợ phù hợp nhằm bảo đảm quyền và lợi ích hợp pháp của Người lao động khi ký kết hợp đồng lao động điện tử. Tương tự Người lao động, Người sử dụng lao động cũng phải chi trả thêm các khoản cho việc duy trì chữ ký số, dịch vụ cấp dấu thời gian và phí sử dụng eContract.

Bảo mật thông tin là một trong những thách thức đáng lưu ý khi triển khai hợp đồng lao động điện tử. Khác với hợp đồng lao động bằng văn bản giấy, vốn thường được tiếp cận, quản lý và lưu trữ trong phạm vi hẹp của bộ phận nhân sự hoặc một số cá nhân có thẩm quyền, hợp đồng lao động điện tử được tạo lập, ký kết và lưu trữ thông qua các hệ thống điện tử và eContract, làm gia tăng số lượng chủ thể có khả năng tiếp cận thông tin, bao gồm nhà cung cấp dịch vụ, bộ phận kỹ thuật, quản trị hệ thống hoặc các bên thứ ba có liên quan. Việc mở rộng phạm vi tiếp cận này tiềm ẩn nguy cơ rò rỉ, xâm phạm hoặc khai thác trái phép dữ liệu, đặc biệt là các thông tin cá nhân và thông tin nhạy cảm của Người lao động. Trước yêu cầu bảo đảm tuân thủ pháp luật và an toàn dữ liệu, doanh nghiệp buộc phải đầu tư xây dựng và duy trì hệ thống lưu trữ hợp đồng lao động điện tử, đồng thời thiết lập các quy trình quản lý, phân quyền truy cập và bảo mật thông tin chặt chẽ, kéo theo những chi phí và yêu cầu không nhỏ, nhất là đối với các doanh nghiệp nhỏ và vừa. Ở chiều ngược lại, Người lao động, những chủ thể thường ở vị thế yếu hơn trong quan hệ lao động, đối mặt với nguy cơ thiếu quyền kiểm soát đối với dữ liệu cá nhân của mình trên các hệ thống điện tử, khi chưa có cơ chế minh bạch và hiệu quả để giám sát hoặc yêu cầu bảo vệ thông tin như hiện tại.

Một vướng mắc thực tiễn đặc biệt gây khó khăn cho cả Người lao động và Người sử dụng lao động là khả năng các cơ quan nhà nước chấp nhận giá trị pháp lý của hợp đồng lao động điện tử. Thực tiễn cho thấy, trong nhiều trường hợp, các cơ quan quản lý nhà nước như cơ quan thuế, bảo hiểm xã hội, cơ quan công an và các tổ chức tín dụng vẫn ưu tiên, hoặc yêu cầu nộp kèm, hoặc xuất trình hồ sơ giấy khi giải quyết thủ tục hành chính, nhất là trong các trường hợp cần đối chiếu bản gốc. Đáng chú ý, trường hợp phát sinh tranh chấp lao động, việc trích xuất, trình bày và sử dụng dữ liệu hợp đồng lao động điện tử làm chứng cứ cũng có thể gặp trở ngại trong quá trình Tòa án xem xét và công nhận giá trị pháp lý. Sự thiếu thống nhất và đồng bộ trong công nhận giá trị pháp lý của hợp đồng lao động điện tử khiến không ít doanh nghiệp e ngại việc đầu tư hệ thống công nghệ phù hợp để áp dụng hình thức hợp đồng này do lo ngại rủi ro pháp lý và chi phí bỏ ra chưa tương xứng với lợi ích đạt được, dù hợp đồng và chứng từ điện tử là xu hướng tất yếu trong tiến trình chuyển đổi số.

Từ những bất cập nêu trên, có thể thấy việc triển khai hợp đồng lao động điện tử trên thực tế đòi hỏi sự hoàn thiện đồng bộ cả về pháp lý, hạ tầng kỹ thuật và tổ chức thực hiện. Nhà nước và doanh nghiệp cần có các giải pháp hỗ trợ phù hợp nâng cao kỹ năng số và hỗ trợ chi phí liên quan cho Người lao động, đặc biệt là các nhóm lao động dễ bị tổn thương. Về phía Người sử dụng lao động, việc đầu tư hệ thống công nghệ, quy trình bảo mật và quản trị dữ liệu cần được thực hiện thận trọng, phù hợp với quy mô và điều kiện của từng doanh nghiệp, qua đó bảo đảm hài hòa giữa lợi ích của chuyển đổi số và khả năng tuân thủ pháp luật khi áp dụng hợp đồng lao động điện tử. Các cơ chế bảo vệ dữ liệu cá nhân của Người lao động trong quá trình thực hiện hợp đồng lao động điện tử cũng cần được nghiên cứu, hoàn thiện và ban hành kịp thời. Cuối cùng, các cơ quan quản lý nhà nước cần tăng cường sự kết nối, liên thông và thống nhất trong việc thừa nhận giá trị pháp lý của hợp đồng lao động điện tử, qua đó giảm thiểu rủi ro pháp lý cho các bên trong quan hệ lao động.